OBESSU -ს ყველა წევრი ქვეყანა გენერალურ ასამბლეაზე იკრიბება, რომ გადაწყვიტოს:
- წევრი ორგანიზაციების საქმიანობა;
- ორგანიზაციების პოლიტიკური მდგომარეობა;
- დაადგინოს ფორმები და წესები;
- ვინ იქნება პასუხისმგებელი შემდეგი გენერალური ასამბლეის ორგანიზებაზე.
- OBESSU -ს გამგეობა („ბორდი“) შედგება 5 წევრისგან, რომელთაც განაწილებული აქვთ წევრი ორგანიზაციები და უზრუნველყოფენ მათთან კონტაქტს.
ორგანიზაციის ფუნქციონირებას უზრუნველყოფს შემდეგი სტრუქტურა:
მონიტორინგის კომიტეტი: ირჩევს წევრი ორგანიზაციებისაგან გენერალური ასამბლეის მონიტორინგის საბჭოს, ასევე, წერს ანგარიშებს ორგანიზაციის საქმიანობის შესახებ.
მრჩეველთა კომიტეტი: იმის გამო, რომ OBESSU არის სკოლის მოსწავლეთა გაერთიანება, ორგანიზაციაში მუდმივად მიმდინარეობს წევრების ცვლა, ამიტომ მრჩეველთა კომიტეტი უზრუნველყოფს ორგანიზაციის მუშაობის უწყვეტობას.
სამუშაო ჯგუფები: ორგანიზაციაში არსებობს სხვადასხვა სამუშაო ჯგუფი, რომელიც ზრუნავს გლობალური პრობლემების მოგვარებაზე.
სამდივნო: სამდივნო განიხილავს და ამყარებს ორგანიზაციის ფარგლებში არსებულ კავშირებს, ასევე, ხელს უწყობს ორგანიზაციის სხვა ორგანიზაციებთან დაკავშირებას
საქართველოში შექმნილია საქართველოს სკოლის მოსწავლეთა გაერთიანებათა ალიანსის დაარსების საინიციატივო ჯგუფი, რომელიც არის OBESSU -ს საკონტაქტო ორგანიზაცია საქართველოში და ზრუნავს მისი სრულფასოვანი წევრის სტატუსის მოპოვებაზე
